Gần đây, người ta đã chứng minh rằng trabectedin ngăn chặn sự gắn DNA của yếu tố phiên mã gây ung thư FUS-CHOP và đảo ngược chương trình phiên mã trong myxoid liposarcoma. Bằng cách đảo ngược chương trình di truyền được tạo ra bởi yếu tố phiên mã này, trabectedin thúc đẩy sự khác biệt và đảo ngược kiểu hình gây ung thư trong các tế bào này.[15]

Khác với can thiệp phiên mã, cơ chế hoạt động của trabectedin rất phức tạp và không hoàn toàn được hiểu. Hợp chất này được biết là liên kết và kiềm hóa DNA ở vị trí N2 của guanine. Được biết từ công việc in vitro rằng liên kết này xảy ra trong rãnh nhỏ, kéo dài khoảng ba đến năm cặp bpbase và hiệu quả nhất với các chuỗi CGG. Trình tự ràng buộc thuận lợi bổ sung là TGG, AGC hoặc GGC. Khi đã bị ràng buộc, chất cộng hóa trị có thể đảo ngược này uốn cong DNA về phía rãnh chính, can thiệp trực tiếp vào quá trình phiên mã được kích hoạt, đầu độc phức hợp sửa chữa nucleotide kết hợp phiên mã, thúc đẩy sự phân hủy RNA polymerase II và tạo ra sự phá vỡ chuỗi kép DNA.[15]